W 1704 roku we Lwowie wybuchła epidemia dżumy. W Prusach podjęto szczególne środki ostrożności. Surowe zakazy miały zapobiec przywleczeniu tej straszliwej choroby. Gdy w 1707 roku dżuma zbliżyła się do granic Prus wystawiono straże, które obstawiły główne drogi, niszczono mosty na rzekach, pilnowano nawet leśnych dróżek by nikt nie przedostał się przez kordon graniczny.
Mimo podjętych środków pierwszy przypadek dżumy zanotowano latem 1708 roku we wsi Białuty. Władze pruskie otoczyły wieś palisadą a wojsko pilnowało by ludzie z Białut nie wydostali się na zewnątrz. W rezultacie nikt z mieszkańców wsi nie przeżył choroby.
Podobną tragedię przeżyli mieszkańcy oddalonego o 29 km od Ostródy Olsztynka. We wrześniu 1708 roku dżumę przywlókł tu z Polski syn miejscowego rzemieślnika. Najpierw zmarła cała jego rodzina, służąca a nawet krewni, którzy go odwiedzili. Na wieść o chorobie wielu mieszkańców uciekło do pobliskich lasów lub sąsiednich wsi. W niedługim czasie wojsko otoczyło Olsztynek, by nikt nie mógł opuścić miasta, w którym kończyła się już żywność. Ludność Olsztynka podniosła bunt i opanowała magazyny zbożowe. Pisarz miejski zanotował wówczas w kronice - "w ciągu trzech tygodni zmarło ponad 90 osób i coraz więcej choruje". Chorującym mieszkańcom Olsztynka pośpieszyła z pomocą społeczność innych miast: Ostródy, Morąga oraz Pasłęka. Przywieziono żywność, lekarstwa i tabakę do odkażania domostw. Przyjechali również lekarze z Królewca.
Do wybitnych lekarzy pruskich, którzy skutecznie walczyli z dżumą należał Georg Andreas Helwing, przyrodnik i pastor z Węgorzewa. Leczył on chorych ziołami i dziegciem i sam grzebał zmarłych. Ludziom radził myć ręce spirytusem i spożywać ciasto z młodymi liśćmi piołunu. Rady lekarza skutkowały, a okoliczna ludność składała na ręce pastora podziękowania i dary.
Niestety takich lekarzy nie było wielu. Nie było ich w innych miastach Prus: Ostródzie, Nidzicy, Piszu. W tych miejscowościach śmierć zbierała najobfitsze żniwo. Determinacja ludności przekraczała wówczas wszelkie granice. Mieszkańcy wsi Harsz uznali, że morowi można zaradzić odkopując trupa - ofiarę zarazy, u którego byłyby widoczne oznaki pożerania własnego ciała! Niestety, grabarze takiego ciała nie znaleźli. W końcu rozszarpano czyjeś zwłoki i uroczyście odrąbano im głowę. Resztę ciała wrzucono wraz z żywym psem do grobu. Dżuma jednak nie ustała. Wieś zamieniła się w pustkowie.
W 1709 roku dżuma dotarła także do Ostródy. Prawdopodobnie tak jak w przypadku innych miast niektórzy mieszkańcy Ostródy na wieść o chorobie opuścili swoje domy przenosząc się do pobliskich miejscowości. Nie uchroniło ich to przed straszliwą śmiercią. Świadczyć o tym może liczba zgonów. W Ostródzie zmarło wówczas 51 osób a w pobliskich Lubajnach aż 75 mieszkańców.
Władze Pruskie na wieść o dżumie powołały kolegium zdrowia z siedzibą w Królewcu. Ustalono specjalne przepisy, które rozesłano do wszystkich miejscowości. Zalecono w nich utrzymanie czystości, przeprowadzenie dezynfekcji w kościołach oraz miejscach zgromadzeń. Stan sanitarny w Ostródzie był bardzo niski. Położenie miasta w sąsiedztwie jezior i bagien sprzyjało rozwojowi chorób. Skutki epidemii dżumy mieszkańcy Prus odczuwali jeszcze przez wiele lat. Ogółem na dżumę zmarło około 200 tysięcy osób. Ponad 10 tysięcy zagród chłopskich pozostało bez gospodarzy. O skali spustoszeń może świadczyć fakt, że zaraza w Piszu wyludniła miasto do tego stopnia, iż rynek miasta zarósł trawą a liczba mieszkańców wynosiła zaledwie 15 osób. Pastor w Ostródzie jeszcze w 1748 roku ubolewał, że miasto jest puste i wynędzniałe. W kościołach modlono się, "aby Bóg napełnił tę ziemię nowym ludem, gdyż złowieszcza zaraza spustoszyła ją niezmiernie".