Bażyńscy byli gałęzią rodu Flemingów, którzy przybyli do Prus z Lubeki w połowie XIII wieku. Po otrzymaniu majątków w obszarze wsi Baysen (Bażyny) koło Ornety, w późniejszych dokumentach występowali jako von Baysen. Piotr Bażyński - ojciec Jana - oprócz subwencji pieniężnych otrzymywał także od Wielkiego Mistrza Zakonu Krzyżackiego Konarada von Jungingena posiadłości niedaleko Ostródy m.in. wieś Elgnowo i koło Dąbrówna: Sławkowo, Ruszkowo, Ostrowin i Leszcz. Bażyńscy posługiwali się herbem z wizerunkiem siedzącej wiewiórki, która trzyma w rękach orzech. 
Jan Bażyński (Hans von Baysen) urodził się około 1390 roku. Zgodnie z kanonami ówczesnej edukacji, jak wielu innych młodych ludzi, został przyjęty na dwór Wielkiego Mistrza Zakonu Krzyżackiego. Na zamku w Malborku zapoznawał się z rzemiosłem rycerskim oraz naukami politycznymi. W 1412 roku Jan Bażyński był uczestnikiem poselstwa zakonu krzyżackiego do króla Anglii Henryka IV. Przebywał tam jeszcze w 1413 roku. W 1415 roku Portugalczycy zdobyli w Afryce twierdzę i port Ceuta. Trwały wtedy walki pomiędzy muzułmanami a chrześcijanami. Młody Bażyński, podobnie jak wielu europejskich rycerzy, udał się do Portugalii, by zdobyć sławę oraz łupy wojenne. Pod koniec 1419 roku przybył na dwór króla Edwarda, gdzie został z godnością powitany. W czasie walk z niewiernymi wyróżniał się odwagą i męstwem. Szczególnie podczas obrony twierdzy Ceuta dał wyraz swojego bohaterstwa, co zapewniło mu uznanie samego króla. Służba na dworze króla Edwarda trwała dwa lata. W 1422 roku Bażyński powrócił do Prus. Po śmierci ojca odziedziczył majątki Leszcz i Sławkowo koło Dąbrówna. Prawdopodobnie za łupy wojenne nabył także kolejne posiadłości: Osiekowo k/Nidzicy oraz Lubajny nieopodal Ostródy. W 1431 roku, blisko czterdziestoletni Bażyński zawarł związek małżeński z Martą, krewną rycerza Jana z Jani. Doświadczony Bażyński włączył się do życia politycznego. W 1432 roku uczestniczył w zjeździe rycerstwa ziemi chełmińskiej, ostródzkiej i dzierzgońskiej, który odbył się w Prabutach. W 1440 roku, w Elblągu Jan Bażyński reprezentował ziemię ostródzką na spotkaniu rycerstwa. Zgromadzeni przedstawiciele miast byli inicjatorami założenia konfederacji, nazwanej Związkiem Pruskim. Na kolejnym zjeździe w Kwidzyniu reprezentanci dziewiętnastu miast zatwierdzili dokument powołujący Związek Pruski, do którego przystąpiły później prawie wszystkie miasta Prus. Wśród wielu pieczęci odciśniętych pod tym dokumentem, znajduje się również odcisk pieczęci Jana Bażyńskiego. Właściciel Leszcza powrócił do swojej posiadłości, gdzie ciężka choroba przykuła go do łóżka, bowiem od wielu lat chorował na reumatyzm.
W 1453 roku konfederaci Związku Pruskiego zawiązali tajny organ - Radę Związku. Decydujący wpływ na działania Związku Pruskiego wywierała rada mieszczan, wśród których narastała niechęć do Zakonu Krzyżackiego. W Toruniu tłum mieszkańców zażądał wydania broni przeciw Krzyżakom. W grudniu 1453 roku doszło do procesu przeciwko Związkowi. Ogłoszony wyrok sądu skazywał konfederację na rozwiązanie, a przywódców Związku Pruskiego na karę śmierci. W lutym 1454 roku wybuchło zbrojne powstanie przeciwko zakonowi. Akt wypowiedzenia posłuszeństwa Wielkiemu Mistrzowi dostarczono do Malborka. Powstanie zapoczątkował atak na zamek krzyżacki w Toruniu. W ciągu kilku dni konfederaci opanowali Elbląg i Królewiec. Poddały się także miasta: Ostróda, Nowe Miasto Lubawskie, Iława, Lidzbark Welski i Kurzętnik. Do Króla Polskiego Kazimierza Jagiellończyka udała się delegacja Związku Pruskiego. Konfederaci zwrócili się z prośbą o pomoc: " Nie tajno, Miłościwy królu, Tobie i Twojej Radzie - mówił stojący na czele Związku Pruskiego Jan Bażyński - a podobno i narodom sąsiednim, ile krzywd i niegodziwości, ile zniewag i hańby dziadowie i ojcowie nasi, a na koniec my sami wycierpieliśmy od wielkiego mistrza i Zakonu (...)" Pod koniec wystąpienia Bażyński stwierdził: "Przeto udajemy się do Majestatu Twego z prośbą, abyś raczył nas przyjąć za Twoich i Królestwa Twego wieczystych poddanych i wcielił na nowo do Królestwa Polskiego, od którego jesteśmy oderwani (...)". Kazimierz, pomimo sprzeciwu Zbigniewa Oleśnickiego, postanowił uczynić zadość prośbom pruskiej delegacji i specjalnym dokumentem wcielił sporne ziemie do państwa polskiego. Takie posunięcie musiało oznaczać kolejną wojna z Zakonem Krzyżackim.
W Krakowie prowadzono też nabór wojsk zaciężnych. Pod koniec lutego 1454 roku Związek Pruski miał do dyspozycji 12 000 najemnych rycerzy. Król Kazimierz, po wysłuchaniu wystąpienia Jana Bażyńskiego oraz wielodniowych rokowaniach, wyznaczył komisję, która miała za zadanie ustalenie warunków poddania się Prus Polsce. W kwietniu 1454 roku przedstawiciele stanów pruskich na zjeździe w Grudziądzu i Toruniu, wyrazili zgodę na układy między Związkiem a Polską. Wobec tego faktu herold króla polskiego wręczył mistrzowi zakonu krzyżackiego dokument wypowiadający wojnę. Dzięki militarnej pomocy Polski związkowcy odnieśli kilka sukcesów i przygotowywali się do oblężenia Malborka. Jednakże porażka, w bitwie pod Chojnicami, jaką odniósł Król Kazimierz, zahamowała działania powstańców. Wskutek tego na stronę Krzyżaków przeszły miasta: Ostróda, Dzierzgoń, Miłomłyn, Iława, Olsztynek oraz Sztum. W 1455 roku działania wojenne znacznie osłabły. Wojska zaciężne rozlokowały się w zamkach. Trudności finansowe Zakonu doprowadziły do wykupu miast i zamków z rąk Krzyżaków. Miasta pruskie, przy znacznym wsparciu króla Polski, wykupiły od wojsk zaciężnych Malbork z zamkiem, Tczew i Iławę, za które zapłacono 190 000 florenów. W dniu 8 czerwca 1457 roku Kazimierz Jagiellończyk uroczyście wjechał na zamek malborski. Malbork przestał być stolicą państwa zakonnego. Wielki mistrz Ludwik Erlichshausen przeniósł się do Królewca. Na zamku w Malborku zamieszkał gubernator Prus, Jan Bażyński. Wówczas był już schorowany i stary. Nadal jednak przewodził w Związku Pruskim. Niestety, Bażyński nie doczekał realizacji swojej koncepcji połączenia Prus z Polską. Zmarł 9 listopada 1459 roku. Został pochowany w Elblągu. Drugim gubernatorem Prus został jego brat, Ścibor Bażyński. Działania wojenne, zapoczątkowane w Toruniu w 1453 roku przez konfederatów Związku Pruskiego, a wspierane przez Polskę, zakończyły się dopiero po trzynastu latach pokojem zawartym w Toruniu w 1466 roku.